El Herbario JACA alberga alrededor de 300 mil pliegos de herbario de plantas vasculares y otros tantos registros bibliográficos y anotaciones de campo que en conjunto aportan una detallada información florística, ecológica y fenomorlógica  de una gran parte del Valle del Ebro y del Pirineo, especialmente de la vertiente española más una representación de muchos taxones del resto de la Península Ibérica, recolectados en las últimas cinco décadas. Además, se dispone de colecciones paralelas de flora medicinal, endémica,  líquenes y una colección de semillas

(espermoteca) correspondientes a unas 2000 especies. Toda la colección está informatizada, almacenada en bases de datos del IPE y disponible al público -con accesos filtrados- a través de internet desde 2005.

Aparte del personal investigador y auxiliar que trabaja en relación con la colección (www.ipe.csic.es/herbario), se mantiene una red regional de corresponsales botánicos amateurs que envían regularmente datos florísticos y fotografías y constituyen un aporte fundamental para el enriquecimiento y la actualización de la colección. El Herbario JACA constituye el censo de la diversidad vegetal a escala regional y proyecta ser la colección de referencia del conjunto del Pirineo, segunda cadena montañosa de Europa occidental. Actualmente sirve de base para elaborar una  síntesis de distintas variables de la flora regional (área de distribución, seguimiento de sus hábitats y poblaciones, caracterización feno-morfológica, prioridades de conservación) en la que se apoyan varios proyectos de investigación de flora y ecología vegetal.