Es una colección que consta de unas 800 preparaciones microscópicas de granos de polen y esporas de helechos, que han sido sometidas a un proceso de Acetolisis (fosilización artificial mediante un tratamiento químico que elimina el contenido celular del polen). Su principal finalidad es posibilitar la comparación de los diferentes granos de polen y esporas, correctamente identificados, con los palinomorfos conservados en un registro fósil, actuando por ello como colección de referencia.

La palinoteca está conservada en estuches con capacidad para 100 porta-objetos o preparaciones, organizada alfabéticamente por familias (unas 130), géneros (casi 400) y especies, indicando en buena parte de las preparaciones el lugar de origen de recolección de la muestra (mayoritariamente Península Ibérica y Francia, destacando los taxones de carácter Mediterráneo).

A su vez, la palinoteca cuenta con unas 200 muestras de polen fresco en sobres de papel, que ha sido recogido durante el periodo de polinización de las distintas especies. A estas muestras todavía no se les ha practicado la Acetolisis. En los próximos años, se pretende incrementar la palinoteca con una muestra de polen fosilizado artificialmente obtenida de cada especie representada en el Herbario JACA.