La colección principal está formada por unos 290.000 ejemplares de herbario, más 120.000 pliegos duplicados que sirven para intercambios, exsiccatas, etc.

Otras colecciones de plantas vasculares

Aparte del Herbario principal de plantas vasculares, se encuentran depositadas algunas colecciones como el Herbario P. Chevassus, un herbario previamente depositado en el centro de Aula Dei de Zaragoza y el herbario particular de la Dra. Teresa Tarazona con plantas de Burgos y zonas colindantes. Además, se encuentra pendiente de intercalación el herbario de Albarracín cedido recientemente por su autor Dr. Ildefonso Barrera.