El Herbario JACA fue fundado en los años 60 por el Profesor Pedro Montserrat que en esa década se trasladó al Instituto Pirenaico de Ecología con sede en esa ciudad. Las plantas más antiguas depositadas en la colección corresponden a los años 30, aunque el mayor número de muestras fue recolectado durante las décadas de los 70 y 80.
En los últimos años el Herbario JACA se ha visto incrementado con la aportación de plantas de distintos colaboradores y se han incluido en la base de datos más de cien mil registros procedentes de observaciones de campo y de la bibliografía con el fin de mejorar los mapas de distribución de especies.
