El servicio de colecciones tiene como objetivo recolectar, preservar, organizar y facilitar el acceso de la información generada sobre la diversidad (incluida la paleo-diversidad) y características medioambientales basada principalmente en la flora, la fauna vertebrada y los datos limnogeológicos que cubren un transecto completo N-S/W-E en la Península Ibérica, y de manera especial en su sector NE (gradiente desde el fondo del Valle del Ebro a Pirineos, Sistema Ibérico y región de Aragón).

     Los objetivos más específicos son:

• Aportar información a estudios de taxonomía, biodiversidad, paleoclima, paleo-limnología y paleo-medioambiente a los investigadores del IPE y de otros organismos públicos de investigación.
• Centralizar la información en diversidad de plantas (actual y paleo) y sus patrones de distribución a distintas escalas (Aragón para flora vascular y Península Ibérica para cambios en paleo-vegetación).
• Asesorar en política de conservación medioambiental (Departamento de Medioambiente del GA; Ministerio de Medioambiente, consultores en medioambiente, etc.).
• Difundir el conocimiento sobre la biodiversidad al público en general, tratando de canalizar el esfuerzo de observación y prospección de personas y asociaciones para mejorar la información disponible en nuestras bases de datos.
• Construir una palinoteca de referencia a partir del Herbario JACA.
• Constituir un “Repositorio nacional de cores lacustres” para conserver y proporcionar muestras para futuros estudios similar a “the National Lacustrine Core Repository in the LRC (U. Minnesota, USA)”. 

     La información se obtiene de ejemplares de plantas y animales recolectados en las últimas cinco décadas junto a datos publicados e inéditos procedentes de diferentes estudios de investigación. Las colecciones de polen y de cores lacustres se comezaron a elaborar en el año 2003